Am häufigsten entsteht eine Schimmelpilzallergie durch das Einatmen der Schimmelpilzsporen.
Werden Schimmelpilzsporen eingeatmet, kommt es bei allergischen Menschen zu einer Freisetzung von Entzündungsmediatoren aus Mastzellen und basophilen Granulozyten („Allergiezellen“ des Körpers), die allergische Reaktionen auslösen, wie z. B. Fließschnupfen, Niesanfälle, Husten oder Asthma.
Bei sehr starker z.B. beruflich bedingter Schimmelpilzbelastung kann sich auch eine sogenannte exogen allergische Alveolitis ausbilden, eine Lungenerkrankung, bei der es zunächst zu einer Entzündung, später zu einer Verhärtung des Lungengewebes kommt.
In bestimmten Räumen (besonders in Kellern, in alten feuchten Häusern, in schlecht geheizten Neubauten, in Räumen mit Parkettboden, Klimaanlagen oder Holzverkleidungen) können sich die Beschwerden verstärken. Hohe Sporenkonzentrationen in der Luft sind besonders von Mai bis Oktober zu verzeichnen; dabei kommen die Sporen einiger Schimmelpilz-Arten tagsüber in größeren Mengen vor, die anderen Arten dagegen nachts.