Die Ursache für die Kreuzallergien liegt in den Allergengemeinschaften begründet:
Proteine sind sehr kompliziert aufgebaute Moleküle. Manche von Ihnen haben aber Bereiche, in denen sie sich untereinander ähneln oder gar identisch sind.
Wenn das Immunsystem eines Allergikers nun Antikörper gegen einen solchen Proteinabschnitt (Epitop) bildet, der auch in anderen pflanzlichen oder tierischen Proteinen vorkommt, kann es zu einer Kreuzallergie kommen.
Andererseits sind manche Proteine im Tier- oder Pflanzenreich sehr weit verbreitet.
Besitzt ein solches Protein die Fähigkeit, eine Allergie auszulösen, kann es ebenfalls für Kreuzallergien verantwortlich sein. 
Besonders häufig treten solche Kreuzallergien auf, bei denen neben Pollen auch bestimmte Nahrungsmittel zu allergischen Beschwerden führen.
Man spricht dann von pollenassoziierten Nahrungsmittelallergien. So vertragen z.B. zirka 60% aller Birkenpollenallergiker bestimmte Nahrungsmittel nicht.